（一）起始阶段：
2014年1月14日，某市稽查局对S公司2007年1月1日至2010年12月31日的涉税情况进行立案调查，2015年2月13日检查结束。同年9月29日，稽查局作出税务处理决定，认定：
2007年1月1日至2010年12月31日期间，S公司因为账外收取得收入未申报税款、账外发放工资、薪酬，虚增固定资产购置成本导致多计提折旧未做纳税调整等，导致下列税务问题：
1.少缴营业税、城市维护建设税建设税，合计4.56万元。
2.少代扣代缴个人所得税，其中少代扣代缴劳务报酬个人所得税44.8万元，少代扣代缴工资薪金所得个税30.1万元。
3.少申报缴纳企业所得税，合计249.64万元。
（二）S公司后提请行政诉讼认为：
1.一审法院对于S公司与其股东之间的往来款3500万元，按照“利息、股息、红利个人所得税”项目，由A公司代扣代缴个人所得税的认定缺乏事实依据。
2.稽查局将S公司支付给陈某、李某的工资认定为分红，要求S公司按照“利息、股息、红利”项目来代扣代缴个税的事实依据和证据不足。
3.本案已经超过法定的追缴税款的时效，不应继续追缴税款。
（三）法院意见：
1.关于3500万款项，如该笔款项是S公司所说，是S公司与股东之间的往来款，类似于公司与股东之间的借款，则公司财务入账时应该列入应收款项。
根据《财政部 国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税〔2003〕158号的规定：股东从自己投资的企业借款，在借款的纳税年度终了后既不归还，也没有用于企业生产经营的，该未归还的借款可以视为企业对个人股东的红利分配，按照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。
2.事实上，本案中，S公司是通过虚列支出等手段套取了公司3500万元，通过账外账户，将款项转入了公司股东的个人账户，然后又以股东增资形式将款项转入公司账户。
在行政程序和一审期间，S公司未能提供该笔3500万元款项是股东有偿获得或者将该笔款项列为公司应收款的证据，并且在稽查期间，除套现的1990万元外，其他的1510万元已经用账外账户的资金充平了账内账目，所以A公司的主张难以被采纳。
3.S公司认为发放给陈某、李某的是工资薪金，不是分红。但是S公司既不能提供发给陈某、李某两笔款项是依据何种工薪制度，也没有工资台账等相关记载作为证据，所以S公司主张难以被采纳。
另一面，稽查局提供的证据可以反映发给陈某、李某的两笔款项在S公司的账目中，自认了是股金分红或者股本金差额。
4.因为本案属于通过设立账外账，采用在账簿多列支出等手段导致未缴、少缴的，属于偷税，追征期不受3年、5年限制，故不存在超过法定追征税款时效的问题。
