银行向企业收取了开立账户的手续费，并开具了增值税专用发票。对于该种业务产生的进项允许抵扣。
根据（财税〔2016〕36号）的规定，购进的贷款服务不得抵扣进项税额，而贷款服务是指将资金贷与他人使用而取得利息收入的业务活动。例如各种占用、拆借资金。同时，该文件规定，直接收费金融服务，以提供直接收费金融服务收取的手续费、佣金、酬金、管理费、服务费、经手费、开户费、过户费、结算费、转托管费等各类费用为销售额。由此可见，企业开立银行承兑汇票账户产生的手续费，并非属于企业与银行之间进行资金的拆借和资金的占用，而是属于直接收费金融服务。对于直接收费金融服务而发生的支出，取得的增值税专用发票允许抵扣进项。
综上，对于发生开立承兑汇票账户的手续费服务，属于金融服务中的直接收费服务，而非贷款服务。即，取得的进项发票允许抵扣。
相关规定：
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（六）购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。
（财税〔2016〕36号）附件：《销售服务、无形资产、不动产注释》一、销售服务
（五）金融服务。
金融服务，是指经营金融保险的业务活动。包括贷款服务、直接收费金融服务、保险服务和金融商品转让。
（一）贷款服务。
贷款，是指将资金贷与他人使用而取得利息收入的业务活动。
各种占用、拆借资金取得的收入，包括金融商品持有期间（含到期）利息（保本收益、报酬、资金占用费、补偿金等）收入、信用卡透支利息收入、买入返售金融商品利息收入、融资融券收取的利息收入，以及融资性售后回租、押汇、罚息、票据贴现、转贷等业务取得的利息及利息性质的收入，按照贷款服务缴纳增值税。
融资性售后回租，是指承租方以融资为目的，将资产出售给从事融资性售后回租业务的企业后，从事融资性售后回租业务的企业将该资产出租给承租方的业务活动。以货币资金投资收取的固定利润或者保底利润，按照贷款服务缴纳增值税。
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36 号)附件2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》
一、营改增试点期间，试点纳税人指按照《营业税改征增值税试点实施办法》(以下称《试点实施办法》)缴纳增值税的纳税人有关政策 。
（一）直接收费金融服务。
直接收费金融服务，是指为货币资金融通及其他金融业务提供相关服务并且收取费用的业务活动。包括提供货币兑换、账户管理、电子银行、信用卡、信用证、财务担保、资产管理、信托管理、基金管理、金融交易场所（平台）管理、资金结算、资金清算、金融支付等服务。
